Se denomina polisinodial al sistema desarrollado por los Austrias, que consistía en el gobierno mediante sínodos o Consejos. Los Consejos se pueden definir como órganos consultivos de carácter permanente que asesoran y auxilian al monarca y colaboran en él en las tareas de gobierno y administración del reino.

El concepto proviene del Consilium o Curia Regis, reunión de notables (nobles) que aconsejaban la toma de decisiones políticas a los monarcas altomedievales en cumplimiento del deber vasallático. Estos Consejos se fueron cristalizando a los largo de la Edad Media, si bien fue en la época de los Reyes Católicos cuando adquirieron la forma que, con ligeras transformaciones, sería la aplicada por los Austrias.

La complejidad de la Monarquía Hispánica (que supuso una unión dinástica, pero en ningún caso administrativa) provocó que tanto en la Corona de Aragón como en la de Castilla aparecieran múltiples consejos, que, heredados por la Casa de Habsburgo, fueron ampliados.

El funcionamiento de estos consejos parte del principio que es el Rey (el garante del Poder Real) el que toma las decisiones, y compete a los Consejos presentar los problemas o asuntos que aparecen en diversas áreas para a continuación indicar soluciones o actuaciones que llevaran una resolución positiva de la cuestión, por lo que no se puede decir que dichos Consejos tuvieran capacidad ejecutiva, puesto que era el Rey quién ejercía la soberanía de manera directa. Este sistema ralentizaba mucho la burocracia española, ya que el Soberano tenía que abordar muchas decisiones a la vez, que no siempre se alcanzaban a la primera y devolvía el tema al Consejo.

A su frente se situaban los Secretarios, personas de la confianza del Rey, que actuaban de enlace entre este y los Consejos. Algunos tuvieron gran poder, como Antonio Pérez.

Los primeros Consejos fueron creados por los Reyes Católicos y, para desarrollar este sistema, Carlos I creó nuevos Consejos especializados en los asuntos de los diferentes territorios o en cuestiones concretas. Felipe II también realizó algunas modificaciones al sistema, que al final se componía de catorce consejos -trece en la corte y sólo uno, el de Navarra, fuera de ella, en Pamplona- que suelen dividirse en dos grupos en función de su específica vinculación con un territorio o con un tipo de asuntos.

El Consejo de Estado, creado por Carlos I a comienzos de la década de 1520,  era presidido por el monarca que con él consultaba las llamadas materias de Estado, la política exterior de la Monarquía. Era el único consejo cuyo campo de acción podía abarcar al conjunto de todos los territorios de la Monarquía y tenía la función de elemento cohesionador del gobierno. Representa al órgano supremo de asesoramiento al monarca. Está dirigido por el rey y se compone de miembros de la alta nobleza, el presidente del Consejo Real de Castilla, el inquisidor general y algunos miembros del Consejo de Guerra.

El Consejo de Castilla era heredero del antiguo Consejo Real. Su principal cometido era la administración de justicia en el reino, de la que el Consejo venía a ser tribunal supremo, pero que también ponía en sus manos las materias de su gobierno general (administración, gobierno, asuntos militares, hacienda y justicia). A uno de estos miembros se le nombraba presidente del Consejo.

El Consejo de Aragón fue reorganizado por Carlos I en 1522. Heredero del Consejo Real de los monarcas aragoneses. Sus funciones se centraban en materias de justicia y gobierno, con jurisdicción sobre todos los territorios de la Corona (Aragón, Cataluña, Valencia, Mallorca). No tuvo muchas competencias debido a la existencia de virreyes en cada reino que absorbían para sí parte de las competencias.

El Consejo de Navarra era el único que no residía en la corte, sino que se reunía en Pamplona. Su origen se remonta al antiguo Consejo Real de los reyes navarros y fue mantenido como símbolo de su particular agregación a la Monarquía, concluida en 1515. Sus funciones abarcaban tanto la justicia como el gobierno del reino.

El Consejo de Italia fue creado por Felipe II. Sus competencias eran las de tribunal supremo de justicia, las de carácter fiscal y de provisión de cargos para los territorios italianos (Milán, Nápoles y Sicilia).

El Consejo de Flandes y Borgoña no recibió ordenanzas hasta 1588. Con el que se consultaban las materias de los territorios correspondientes a la herencia borgoñona de los Austrias hispanos.

El Consejo de Indias fue fundado en 1524. Era tribunal supremo para las causas indianas, al tiempo que se ocupaba de las materias de provisión de cargos y de los asuntos relativos al regio patronato en Indias.

El Consejo de Portugal nace en  las Cortes de Tomar de 1581. Estaba compuesto exclusivamente por portugueses para que se ocupase de todas las materias que, referentes al reino, pudiesen ser tratadas en la corte. Se encargaba de las materias de gracia, distribución de mercedes, provisión de dignidades eclesiásticas y nombramiento de oficiales.

El Consejo de la Inquisición, que será conocido como la Suprema, había sido creado en 1483 y era la instancia última de las causas de los tribunales inquisitoriales locales. Su jurisdicción se extendía al conjunto de la Monarquía Hispánica. La Suprema, con el Inquisidor General a la cabeza, se ocupaba del nombramiento de los inquisidores y agentes del Santo Oficio. Tiene como objetivo velar por la pureza del catolicismo, luchar contra las herejías, y controlar a los cristianos “nuevos”: los judeo-conversos y los moriscos.

El Consejo de las Ordenes Militares, cuyo origen se remonta a finales del siglo XV, extendía su campo de actuación al régimen privativo de los caballeros de hábito, ocupándose de velar por la pureza de su sangre a la hora de ingresar en alguna orden, sin olvidar las atribuciones de gobierno y justicia en las tierras de las órdenes militares cuyos maestrazgos fueron incorporados a la Corona de forma perpetua a partir de 1523.

El Consejo de la Cruzada, creado por Juana I en 1509, nació para la recaudación y administración de las llamadas tres gracias (bula de la cruzada, subsidio y excusado) que Roma concedía al Rey Católico para la organización de cruzados como Defensor de la Fe.

El Consejo de Guerra estaba formado por consejeros de Estado y militares para la discusión de materias relacionadas con los asuntos de la guerra. Contaba con dos secretarías, una para Mar y otra para Tierra.

El Consejo de Hacienda (nacido en 1523-1525), se ocupaba de la financiación de la Monarquía mediante el control de las rentas y del patrimonio de que se nutría la hacienda real, la política fiscal y la obtención de recursos ajenos para la puesta en práctica de la política general de la Monarquía. Tiene como objetivo recaudar impuestos.

Fuera del sistema se encontraba Consejo de Cámara que se ocupa de convocar Cortes, en las que el presidente y los consejeros participaban en calidad de asistentes, pero les competía verificar los poderes de los procuradores (representantes de las ciudades en la Cortes).

La razón última de ser de esta complicada polisinodia era, claro está, la colaboración con el rey en el gobierno de la Monarquía, bien porque los consejos existieran como expresión del dualismo rey-reino característico de la sociedad de estados, bien porque su fundación o reforma se debieran a la necesidad de poner orden en el volumen enorme de materias que había que tratar y que no cesaron de crecer a lo largo de la centuria. Si consideramos la polisinodia desde el primer punto de vista, los consejos venían a ser un límite del poder regio; si, en cambio, hacemos hincapié en el segundo, podían ser un elemento al servicio de los intereses administrativistas del monarca.

Perderán influencia y eficacia ante la implantación de un modelo administrativo proveniente de Francia e implantado por los Borbones (s. XVIII) basado en la figura del Intendente y del Secretario de Despacho.