A la muerte de Enrique IV de Castilla en 1474 tiene lugar una guerra civil por la sucesión al trono entre su hija Juana, apodada la Beltraneja, considerada ilegítima, apoyada por parte de la nobleza y Portugal, y su hermana Isabel, apoyada por las ciudades, la nobleza y la Corona de Aragón, dado que en 1469 había contraído matrimonio secreto con Fernando, hijo de Juan II de Aragón. Enrique llegó a nombrar heredera a Isabel, siempre que no se casara sin su consentimiento (Pacto de los Toros de Guisando, 1468). La guerra terminó en 1479 con la derrota de Juana en la batalla de Toro (1476) y la firma de la paz con Portugal (tratado de Alcaçobas), que suponía el reconocimiento de Isabel como reina (lo era desde 1474). Ese mismo año subía al trono de Aragón Fernando II, que con su mujer Isabel I unía por el matrimonio sus respectivos reinos.

Sin embargo, aunque los Reyes Católicos (cuyo título de Católicos les fue concedido en 1494 por el Papa Alejandro VI) decidieron gobernar conjuntamente en todos sus territorios, la unión de Castilla y Aragón fue meramente dinástica, ya que cada reino conservó sus propias leyes e instituciones. No se plantearon la posibilidad de crear una monarquía centralizada.

Aunque gobernaron en régimen de igualdad en todos sus territorios, las diferencias entre la Corona de Castilla y la de Aragón son destacables. Por un lado, Castilla superaba a Aragón en extensión territorial y población (tenía más de las tres cuartas partes de la población peninsular). También disfrutaba de una mayor riqueza económica basada fundamentalmente en la ganadería ovina trashumante, controlada por la Mesta, lo que generaba un importante comercio de exportación de lana principalmente con Inglaterra. Por otro lado, Castilla era además un estado unido (un gobierno, una moneda, unas Cortes y sin aduanas internas), al contrario que Aragón con cinco reinos que poseían instituciones propias (pactismo).

El reino nazarí de Granada, último reducto musulmán en la Península, se había mantenido como vasallo de Castilla desde 1246. Los Reyes Católicos, para orientar el carácter belicista de la nobleza, deciden poner fin al proceso de Reconquista conquistando Granada. La guerra civil granadina entre bandos nobiliarios rivales (abencerrajes y zegríes) facilitó los avances cristianos. La conquista fue una guerra de asedios más que de batallas a campo abierto. La última campaña fue el largo asedio a la ciudad de Granada, que duró casi un año, finalizando con las Capitulaciones de Santa Fe entre los Reyes Católicos y el último rey nazarí, Boabdil (por las que permiten a los árabes permanecer en Granada con todas sus propiedades, costumbres, leyes, religión, etc.). El 2 de Enero de 1492 los reyes tomaron posesión de la Alhambra culminando la Reconquista frente a los árabes.

La incorporación de Navarra se produjo años después de la muerte de Isabel. El pretexto alegado fue una supuesta conspiración de Navarra y Francia contra Castilla, que sirvió a Fernando el Católico para enviar en 1512, al duque de Alba a ocupar militarmente Pamplona y seguidamente todo el territorio navarro. En 1515, en las Cortes de Burgos, Fernando anexionó el reino de Navarra a la Corona de Castilla, pero en plano de igualdad, conservando la autonomía de sus fueros e instituciones y su condición de reino propio.

Con Portugal la unión se intentó mediante la política matrimonial, pero no se conseguiría hasta 1580 con Felipe II.

También completaron la Conquista de las Islas Canarias, iniciada en 1402 por Enrique III e iniciaron una política de expansión atlántica que culminaría con el Descubrimiento de América en 1492 por Cristóbal Colón.

Los Reyes Católicos desarrollaron la Monarquía autoritaria (máxima institución de gobierno) donde el rey era el soberano, único depositario del poder político del Estado y los demás poderes tradicionales (nobleza, ciudades e iglesia) debían supeditarse al poder real. Para ello iniciaron una serie de reformas encaminadas a restaurar la paz social y a reforzar la autoridad de la monarquía, dotándola de los necesarios instrumentos de control.

Para los Reyes Católicos era fundamental la creación y la implantación de una burocracia efectiva en el cumplimiento de su voluntad más que en una eficacia administrativa. Para ello se realiza la recopilación y reordenamiento del toda la reglamentación jurídica existente, dando lugar al Ordenamiento de Montalvo (1484).

 Los Reyes Católicos desarrollaron una política de fortalecimiento de las instituciones de gobierno, creando una serie de organismos nuevos y reforzando los existentes.

Crearon la Santa Hermandad (1476), cuerpo armado que debía garantizar la seguridad en las ciudades y los campos, y reprimir el bandidaje en los caminos. En la milicia crearon el núcleo de un ejército profesional, basado en la movilidad de la caballería ligera y la infantería, que alcanzó notables éxitos en la guerra de Italia. En materia de justicia, consolidaron la Chancillería, con función de tribunal superior con dos sedes: una en Valladolid y otra en Granada (creada en 1500 con sede en Ciudad Real y traslada a Granada en 1505)  y la Audiencia, como tribunales de rango inferior a las Chancillerías, también con dos sedes: una en Santiago y otra en Sevilla. Crearon la figura del corregidor, especie de alcalde delegado del rey en las ciudades y municipios. El cargo estaba directamente designado por el rey y costeado por el municipio, lo cual otorgaba a la figura del corregidor un carácter impopular.  Modernizaron el Consejo Real, al desbancar de éste a la alta nobleza y el clero, sustituidos por burgueses letrados fieles a la Corona, convirtiéndole en el órgano de gobierno más importante. Se constituyeron consejos especializados en ciertas materias, como el de Aragón, la Inquisición o el de Indias. Los demás asuntos los seguía tratando el Consejo Real, que estaba por encima de todos los demás y que acabó denominándose Consejo de Castilla, como prueba del predominio de esta corona. En la fiscalidad, los reyes aseguraron la capacidad recaudadora de la Hacienda Real. En las Cortes de Toledo de 1480 sometieron a revisión las mercedes concedidas por los reyes anteriores, lo que permitió recuperar parte del patrimonio real. En Aragón, se respetaron los privilegios y fueros de los reinos, nombrando virreyes para que les representaran en ellos durante su ausencia.

De esta forma, el poder real crece y se centraliza, y se impondrá a la nobleza que cada vez dependerá más de la monarquía. Se impone, pues, la teoría autoritaria que defendían.

Los Reyes Católicos representan el final de la tolerancia medieval en materia religiosa, utilizando la religión como un instrumento más de control político y social y de unificación.

Para ello llevaron a cabo una reforma de la Iglesia, a través de la cual los reyes ejercieron un control muy estricto en el nombramiento de obispos (regalismo, derecho de presentación por el Rey de candidatos a las sedes vacantes). También iniciaron una reforma disciplinaria de las órdenes religiosas, con el apoyo del Cardenal Cisneros, para acabar con la vida disoluta y frívola del clero.

Crearon el Tribunal de la Inquisición en 1478, única institución junto a la Corona con jurisdicción sobre todos los reinos hispanos, para luchar contra los conversos que continuaban con sus prácticas religiosas. Acabó convertida en un instrumento también de control político e ideológico de la población. El primer inquisidor general fue el dominico Fray Tomás de Torquemada.

En 1492 los Reyes Católicos decretaron que los judíos debían convertirse al cristianismo o abandonar la Península en el plazo de cuatro meses. Las causas de esta decisión pueden radicar en el antisemitismo de la población, el afán de apropiarse de sus bienes o impedir que arrastrasen a los conversos al judaísmo. La principal consecuencia fue una pérdida cuantiosa de población que además formaba un grupo que desempeñaba actividades económicas de gran utilidad (médicos, artesanos, prestamistas…).

A partir de 1499, el Cardenal Cisneros emprendió una política de conversiones forzosas para los mudéjares granadinos. El descontento de la población islámica estalló en las rebeliones del Albaicín (barrio de Granada) y de las Alpujarras, que acabaron con una dura represión que obligaba a los mudéjares a abandonar España o a convertirse al cristianismo (1502). Los mudéjares se transformaron así en moriscos (musulmanes cristianizados) que también serían expulsados un siglo después.

Finalmente, los Reyes Católicos iniciaron una política exterior basada en alianzas matrimoniales, mediante los matrimonios de sus hijos con los monarcas aliados o con sus herederos, con el objetivo de aislar a Francia, que se convierte en el principal enemigo de los Reyes Católicos en la lucha por el control de Italia, centro del expansionismo de la monarquía, junto al Norte de África.